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Surveillance des variants : Malgré les annonces, le séquençage français est toujours à la traîne

Surveillance des variants : Malgré les annonces, le séquençage français est toujours à la traîne

© D.R.

En janvier dernier, une montée en charge de la surveillance génomique du Sars-cov-2 est annoncée pour traquer les variants d’intérêt. Dans les faits, les résultats d’enquêtes éphémères mettent plusieurs semaines à être livrés, et le nombre de séquences rendues publiques reste faible. La stratégie ne permet pas de rendre compte de la situation épidémique.

 

Trois mois après que le Royaume-Uni ait tiré la sonnette d’alarme, la France peine toujours à mesurer la progression des variants d’intérêt du Sars-cov-2 sur son territoire. Certes, tous les échantillons positifs sont retestés par RT-PCR de criblage. Mais ces tests ne permettent que de suspecter la présence de variants : lors de la première enquête flash de Santé publique France (SPF), seuls 70 % des suspects ont été confirmés par séquençage ! En décryptant le génome du virus, ce dernier reste la méthode de référence.

En janvier dernier, la nouvelle agence de recherche ANRS maladies infectieuses annonce enfin une coordination nationale du séquençage. « Cette montée en charge se traduira par des enquêtes flashs répétées, et le séquençage de certaines populations cible comme les clusters, les réinfections, les voyageurs, les patients immunodéprimés etc., détaille Yazdan Yazdanpanah. Nous séquençons presque 2500 échantillons par semaine, et l’objectif est d’atteindre 5000 vers le mois de mars. »

En retard par rapport aux voisins européens

Derrière ces annonces, la France fait toutefois pâle figure à côté de ses voisins anglais ou danois, qui séquencent en continu une partie de leurs prélèvements positifs depuis … mars 2020. « Nous ne nous attendions pas à une telle proportion de mutations, explique Yazdan Yazdanpanah, directeur de l’ANRS Maladies infectieuses et membre du conseil scientifique. Nous aurions probablement dû mettre en place une surveillance génomique plus rapidement, c’est important de le faire aujourd’hui alors que nous commençons la vaccination. »

Concrètement, les données françaises sur les variants demeurent chiches. Sur la base de données Gisaid, référence pour les chercheurs du monde entier qui y partagent leurs données, seules quelques centaines de séquences françaises sont ajoutées chaque semaine d’après l’équipe de modélisation de l’épidémiologie et évolution des maladies infectieuses de Montpellier.

Un constat également fait par Philippe Froguel, professeur en endocrinologie au CHU Lille et en médecine génomique à l’Imperial College de Londres, qui complète : « Ce n’est pas facile de faire un bon séquençage, les capacités des laboratoires publics qui séquencent actuellement sont de quelques centaines d’échantillons par semaine. »

Des délais dans la restitution des résultats

Cette situation a pour conséquence d'allonger les délais de restitution. À ce jour, les résultats de l’enquête flash du 27 janvier n’ont toujours pas été rendus au complet, laissant les autorités dans l’inconnu de la situation épidémique. Des délais qui ne semblent pourtant pas liés à des contraintes techniques : le Syndicat des biologistes affirme être capable de rendre les résultats en trois jours grâce aux séquenceurs de la société Illumina. Cette technologie est également utilisée avec la même rapidité par Philippe Froguel dans son laboratoire. Ces délais de restitution à l'échelle nationale pourraient provenir de difficultés organisationnelles liées aux faibles capacités de séquençage.

Selon François Blanchecotte, président du Syndicat des biologistes, les capacités de séquençage de la France pourraient pourtant être rapidement augmentées en impliquant davantage les laboratoires privés. « Les choix politiques ont été centrés sur le système hospitalier », estime-t-il. « Nous avons confirmé au Ministère de la Santé notre capacité à séquencer 2000 à 4000 échantillons par semaine, sans perturber nos autres activités ».

Impliquer les laboratoires privés

Selon l’ANRS et le CNR, l’implication des laboratoires privés est pourtant bel et bien envisagée pour répondre au besoin de surveillance. Le 5 février, un arrêté publié au Journal officiel autorise le remboursement du séquençage, pour les personnes de retour de l’étranger n’ayant pas pu faire l’objet d’un deuxième test RT-PCR de criblage. « Non seulement cet arbitrage n’autorise le remboursement que dans un périmètre très restreint, mais en plus aucun budget n’a officiellement été déterminé, déplore François Blanchecotte. Nous proposons notre participation depuis l’été 2020, mais les laboratoires privés ne sont toujours pas impliqués. » Eurofins Biomnis, spécialiste de la biologie médicale spécialisée confirme également être « prêt techniquement, mais ne pas avoir été sollicité pour le moment ».

Aujourd’hui, Philippe Froguel appelle à revoir la stratégie de séquençage et souhaite mettre en place un séquençage continu hebdomadaire de 3 à 4 % des échantillons positifs des Hauts-de-France. « La bonne méthode est de séquencer 5 % des échantillons positifs à l’échelle nationale, cela donne une représentativité de la situation épidémiologique, assène-t-il. Cela ne sert à rien de cribler toutes les PCR positives ! »

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