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Les tests RT-PCR du Covid-19 se révèlent être de très mauvais tests de contagiosité

Xavier Boivinet

Mis à jour le 03/09/2020 à 10h33

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Les tests RT-PCR du Covid-19 se révèlent être de très mauvais tests de contagiosité

© DNA Script

Dans un article publié sur le site du New York Times samedi 29 août, des experts américains s’étonnent que les tests RT-PCR tels qu’ils sont pratiqués puissent servir de test de contagiosité dans le cas d’une infection par le Sars-CoV-2. Selon le quotidien américain, le seuil considéré aboutit à des diagnostics positifs chez des patients qui ne représenteraient aucun risque de transmettre le virus.

Dans un article publié sur le site du New York Times (NYT) samedi 29 août, des experts américains pointent du doigt le manque d’information fournie par les tests RT-PCR quant à la contagiosité des patients diagnostiqués comme positifs au Sars-CoV-2 : « Les tests standards diagnostiquent comme positif un grand nombre de personnes qui pourraient porter des quantités insignifiantes de virus, résume le NYT. La plupart de ces gens ne sont probablement pas contagieux. »

En effet, les tests RT-PCR fournissent une réponse binaire (positive ou négative) à la question de savoir si un patient est infecté ou pas. Aucune indication n’est donnée quant à la quantité de virus détectée. « La réponse « oui » ou « non » ne suffit pas, indique un épidémiologiste de l'école de santé publique de l'Université Harvard. C’est la quantité de virus qui devrait dicter la démarche à suivre pour chaque patient infecté. »

Cela remet notamment en question l’utilisation du résultat binaire d’un test RT-PCR pour déterminer si un patient est contagieux et doit suivre des mesures strictes d’isolement. Un questionnement que portent un certain nombre de médecins en France, dont, depuis la fin du printemps, le Dr Yvon Le Flohic, médecin généraliste à Ploufragan (Côtes-d’Armor) et membre du collectif auteur de plusieurs tribunes remarquées cet été. Dans un entretien à I&T publié ce 3 septembre, il alerte : si l'on ne change pas notre stratégie de dépistage, nous allons mettre des dizaines de milliers de personnes en confinement pour rien.

Un « cycle threshold » trop élevé

La RT-PCR amplifie au cours de cycles la quantité de matériel génétique viral présent dans l'échantillon de test pour la rendre détectable. Plus le virus est présent en quantité à l'origine, moins le nombre de cycles nécessaires pour faire ressortir une quantité significative de ce matériel génétique est important. A l’inverse, si le nombre de cycles nécessaires est grand, cela signifie qu'il y avait peu de virus présent. Dans la pratique des tests, un nombre de cycles seuil (appelé « Cycle threshold » ou « Ct ») est défini pour dire si oui ou non un patient est infecté.

La plupart des tests fixent le Ct à 40, indique le NYT. Certains à 37. « Des tests avec des seuils aussi élevés peuvent ne pas détecter uniquement du virus vivant mais aussi des fragments génétiques, restes de l’infection qui ne posent pas de risque particulier », précise le quotidien. Une virologiste à l’Université de Californie interrogée admet qu’un test avec un Ct supérieur à 35 est trop sensible. « Un seuil plus raisonnable serait entre 30 et 35 », ajoute-t-elle.

Jusqu'à 90 % de positifs non contagieux ?

Si les résultats des tests PCR précisent rarement le nombre de cycles effectués et le Ct considéré, le NYT indique avoir compilé avec des officiels des Etats du Massachussetts, de New York et du Nevada, trois jeux de données qui les mentionnent. Conclusion ? « Jusqu’à 90 % des personnes testées positives ne portaient presque pas de virus », indique le journal sans toutefois préciser les quantités de virus observées.

Le Centre Wadworth, un laboratoire de l’état de New York, a analysé les résultats de ses tests de juillet à la demande du NYT : 794 tests positifs avec un Ct de 40. « Avec un seuil à 35, environ la moitié de ces tests ne seraient plus considérés comme positifs, indique le NYT. Et environ 70 % ne le seraient plus avec un Ct de 30. » Dans le Massachusetts, entre 85 % et 90 % des personnes testées positives en juillet avec un Ct de 40 auraient été considérées comme négatives avec un Ct de 30, ajoute le journal. Autant de personnes ayant dû s'isoler alors qu'ils n'étaient probablement pas contagieux. Et beaucoup de temps et d'énergie perdus dans l'identification des vrais contagieux.

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