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Les outils de la post-génomique arrivent

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Lille, 15 et 16 octobre. Lors de sa sixième édition, les conférence de l’intéressant Carrefour européen des biotechnologies ont permis de faire le point sur les outils dont disposent les chercheurs, notamment la bio-informat

Le sixième carrefour des biotechnologies, qualifié pour la toute première fois d’européen, a fait le point (à Lille, le 15 et 16 octobre) sur les dernières avancées dans les sciences du vivant. En parallèle au salon, une série de conférences portaient notamment sur les outils dont disposent maintenant les chercheurs et les entreprises pour étudier rapidement la phénoménale quantité de données désormais disponibles.

Dans le domaine de la bio-informatique, Guillaume Lièvre, directeur général de la start-up lilloise IT.Omics, filiale de Genfit (www.it-omics.com), rappelait que le volume de données relatives au vivant double dans le monde tous les 14 mois environ. Cette société propose aux sociétés ou laboratoires en génomique et protéomique de concevoir et mettre en oeuvre leur système d'information interne pour la gestion de leurs données brutes. IT.Omics est depuis septembre dernier centre d’excellence européen pour le système Discovery Link d’IBM. 

La société allemande Genomatix (www.genomatix.de) présentait sa gamme d’outils et de bases de données comme ElDorado (sur les processus de régulation génique) qui rassemble des informations sur plus de 20 000 promoteurs de gènes.

 Chez IBM Anne-Marie Derouault, directeur des alliances et de la distribution de la division sciences de la vie, présentait notamment le projet Blue Gene, lancé fin 1999 et doté d’un budget de 150 millions de dollars sur 5 ans. L’objectif : construire un supercalculateur capable de modéliser le repliement d'une protéine. 

Chez Compugen (www.cgen.com), Raveh Gill-More présentait la plate-forme Leads et ses applications à la découverte de médicaments, notamment dans le domaine des PSA (Prostate specific antigen). De son côté, Robert Brasseur rappelait ses travaux au sein du Centre de biophysique moléculaire numérique sur la modélisation des membranes biologiques et des protéines. Son équipe étudie en particulier les protéines obliques (« tilted proteins ») qui seraient impliquées dans certaines maladies neuro-dégénératives. Les résultats les plus avancés de ces recherches: un test sanguin de détection de la maladie d’Alzheimer est en cours de développement. 

Dans le cadre de la session consacrée aux biopuces, Hélène Gras-Masse (de Sedac-Therapeutics, www.sedac-therapeutics.com) présentait une puce à peptides développée avec l’Institut Pasteur de Lille. L’application de ce dispositif est de déterminer simultanément dans le sérum sanguin humain des anticorps dirigés contre plusieurs antigènes microbiens ou viraux, en utilisant un système de lecture basé sur la fluorescence. 

Chez l’allemand Advalytix (www.advalytix.com), il était question d’améliorer les résultats de l’hybridation sur biopuce par le biais d’une micro-agitation. En utilisant des ondes acoustiques, les SAW (surface acoustic wave) Micromixer Chips permettent d’agiter un très petit volume d’échantillon (moins de 10 microlitres). Parmi les avantages annoncés : un temps de réaction réduit d’un facteur 5 et un rapport signal-bruit augmenté d’un facteur 3. 

De son côté, la laboratoire BioPuce du CEA (www.cea.fr) présentait trois projets en cours. Le programme européen MeDICS vise le développement d’une puce dédiée au tri cellulaire. Il s’agit d’une puce à cellules équipée d’un réseau de microélectrodes permettant de créer des champs électriques capables de piéger des cellules. Un logiciel de pilotage permet alors de diriger les cellules piégées vers des compartiments d’analyse ou vers une manupilation ultérieure. Le projet Multi-Patch concerne l’étude des canaux ioniques des cellules. Ces protéines trans-membranaires jouent un rôle majeur dans la transmission des signaux électriques entre cellules et sont impliquées dans des maladies comme l’épilepsie, l’insuffisance cardiaque ou la mucoviscidose. Le format plan de la puce remplace les capillaires de verre utilisés jusqu’alors et permet de tester en parallèle différents médicaments. Enfin, le projet Phénopuces est destiné à appliquer la technologie biopuce pour l’analyse du phénotype de cellules, c’est-à-dire l’analyse de l’expression des gènes de la cellule.  

Enfin la session consacrée à la protéomique a fait notamment le point sur le projet HUPO (Human proteome organization) (www.hupo.org), dont la mission est de faciliter la coopération internationale et les échanges scientifiques dans ce domaine. Un programme dont le bilan sera dressé du 21 au 24 novembre prochains à Versailles lors du premier HUPO World Congress.

 La société suisse Zeptosens (www.zeptosens.com) présentait ses outils dédiés à l’analyse protéomique : sa puce à protéines ZeptoChip et le lecteur ZeptoReader (détection par fluorescence). Tandis que Christian Rolando exposait les solutions imaginées dans ce domaine à l’Université des Sciences et Technologies de Lille. Un système microfluidique a notamment été conçu avec l’Institut d’électronique et de microélectronique du Nord pour la préparation d’échantillons protéiques avant leur analyse par spectrométrie de masse.

 Hybrigenics (www.hybrigenics.com) présentait sa technologie propriétaire PIM de cartographie des interactions entre protéines. Une technique déjà appliquée au protéome de micro-organismes (S. cerevisiae, H. pylori), mais aussi de cellules cancéreuses, épithéliales, de fibroblastes, d’hépatocytes… 

Enfin, la société allemande Xerion Pharmaceuticals (www.xerion-pharma.com/) propose sa technique Cali (Chromophore-assisted laser inactivation) pour l’identification et la validation de nouvelles protéines cibles de médicaments. 

Michel Le Toullec 

 

 

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