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La recherche sur le protéome humain s'organise

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Versailles, 21-24 novembre. Hupo, le premier congrès mondial sur l'étude des protéines humaines, a présentés les dernières avancées de la recherche. L'Hupo (Human proteome organisation) s'est également fixé com

Le premier congrès mondial de l'Hupo (Human proteome organisation, www.hupo.org) s'est tenu à Versailles, du 21 au 24 novembre 2002. Créée en 2001, cette organisation (qui regroupe des chercheurs américains et européens) a pour but de favoriser les échanges scientifiques dans le domaine émergent de la protéomique, à savoir l'étude du produit fini de l'expression d'un gène, à savoir la protéine.

La protéomique consiste à quantifier et identifier l'ensemble des protéines d'une cellule dans un environnement donné. En comparant les protéines d'échantillons sains et malades, on peut déduire celles qui sont spécifiques d'une pathologie. Ces protéines deviennent alors des marqueurs de la maladie en question, base de nouveaux diagnostics. Mais ce sont aussi des cibles potentielles pour de futurs médicaments contre cette pathologie.

Peter Roepstorff, de l'Université d'Odensee (Danemark) rappelait les deux grandes stratégies qui se sont imposées dans le domaine de la protéomique. La première est basée sur la séparation des protéines par électrophorèse bidimensionnelle sur gel avant leur identification par spectrométrie de masse. La seconde est basée sur la digestion protéolytique de toutes les protéines de l'échantillon suivie par la séparation et le séquençage des peptides qui en résultent par chromatographie liquide et spectrométrie de masse en tandem (LC-MS/MS).

Thierry Rabilloud et ses collègues du CEA à Grenoble travaillent notamment sur une des limites de cette technique : elle sépare mal les protéines peu solubles dans l'eau, comme les protéines membranaires. Or, les récepteurs membranaires sont justement des cibles thérapeutiques très importantes. Ses travaux portent sur l'utilisation de composés de type détergent ' zwitterionique ' (comportant une partie hydrophile) efficace pour extraire des protéines membranaires et les maintenir solubles pendant l'électrophorèse 2D.

A l'Université de Gand (Belgique), Joël Vandekerckhove propose une technique qui se passe de gel. Son équipe utilise la technique Cofradic (Combined fractional diagonal chromatography) pour l'analyse de mélanges peptidiques contenant plus de 50 000 composants. Selon son expérience, cette méthode serait particulièrement utilise pour séparer des Cys-peptides, des phospho-peptides...

A l'Université Vanderbilt (Nashville, Tennessee) utilise le procédé Maldi TOF (Matrix assisted laser desorption, Time of flight) pour localiser des peptides ou des protéines jusqu'à 80 000 Daltons directement à partir de tissus biologiques. Sa technique lui a notamment permis de localiser des protéines spécifiques de cancers (de la prostate et du colon) chez la souris.

Hubert Hondermarck et ses collègues de l'Université des sciences et techniques de Lille présentaient leurs travaux sur la protéomique concernant le cancer du sein pour l'identification de nouveaux marqueurs et cibles thérapeutiques. Leurs travaux sont focalisés sur le transcrit du gène H19, ARNm non traduit, qui régule positivement le taux de thiorédoxine, protéine surexprimée dans les cancers du sein.

Enfin, le congrès a permis de jeter les bases de la coordination entre les chercheurs des différents pays au sein de HUPO. Dans le domaine de la bio-informatique, l'une des axes majeurs consiste à définir des règles communes de traitement des données afin de pouvoir comparer les résultats d'un laboratoire à un autre.

Il est aussi prévu de produire une collection d'anticorps contre les 40 000 protéines humaines répertoriées et de les mettre à disposition des chercheurs sous une forme directement utilisable. Enfin, l'étude systématique des protéines du plasma sanguin vise à caractériser principalement de nouveaux marqueurs du cancer.

Michel Le Toullec

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