Nous suivre Industrie Techno

L’Europe mise sur la génomique structurelle

Industrie et Technologies
La Commission Européenne finance actuellement six programmes sur la génomique structurelle pour un montant total de 70 millions d’euros.

La génomique structurelle consiste à déterminer la structure tridimensionnelle des protéines et molécules d’ARN (acide ribonucléique) exprimées par les séquences génomiques des organismes vivants.

Comprendre la structure de ces macromolécules est cruciale pour identifier leur rôle dans les mécanismes biologiques complexes et est essentielle pour la conception de nouveaux médicaments. Les plus récents développements dans ce domaine ont déjà bénéficié à la compréhension de maladies comme Alzheimer et à la mise au point de traitements antiviraux contre le SRAS et le VIH.

Dans le cadre du 6e PCRD (Programme-cadre de R&D), la Commission européenne finance six programmes majeurs en génomique et protéomique structurelles. Débutés il y a un an environ, ces programmes représentent au total une enveloppe de plus de 70 millions d’euros.

Le programme Spine (Structural proteomics in Europe), mené par l’université d’Oxford (Grande-Bretagne), vise à accélérer la détermination de la structure de protéines par des technologies à haut débit. Les protéines cibles sont notamment impliquées dans des maladies liées à des pathogènes comme Mycobacterium tuberculosis et Herpesviridae.

Le projet concerne aussi les protéines impliquées dans les cancers, les maladies neurodégénératives et auto-immunes. L’Institut européen de bioinformatique est partenaire de ce projet. Actuellement, les structures de plus de 150 protéines ont été identifiées dans le cadre de Spine (13,7 millions d’euros sur 3 ans), notamment celle d’une enzyme essentielle au développement du SRAS.

Mené par l’Université de Bâle (Suisse), le programme 3D-EM porte sur de nouvelles approches en microscopie électronique pour étudier les complexes protéiques et les architectures supramoléculaires des cellules. L’objectif de ce projet de 5 ans (10 millions d’euros de budget) est d’aboutir à une imagerie 3D de très haute résolution de cellules entières.

Trois technologies distinctes sont mises en œuvre :
- la tomographie cellulaire donne accès à une cartographie 3D d’une cellule;
- la cristallographie électronique permet de révéler par exemple la structure des protéines membranaires;
- l’analyse de particules simples est notamment appliquée à l’étude de la structure de virus.

L’université d’Aston (Grande-Bretagne) coordonne le projet E-MeP (European membrane protein consortium) d’un budget de 10,4 millions sur 5 ans. Ce projet est consacré à la détermination des structures des protéines membranaires et des complexes protéiques membranaires.

Les protéines membranaires jouent un rôle essentiel dans la vie cellulaire et dans les mécanismes d’interaction entre la cellule et son environnement. Le projet est focalisé sur la production de protéines membranaires, leur purification, la cristallisation et la cristallographie par rayons X et sur le développement de technologies à haut débit. L’objectif est de sélectionner 300 protéines membranaires, de déterminer leur structure 3D et de développer une base de données.

Le Laboratoire «Architecture et fonction des macromolécules biologiques» du CNRS à Marseille coordonne le programme Vizier sur la compréhension de la machinerie de réplication de virus à ARN (rétrovirus), pour le développement de nouveaux traitements antiviraux. Les virus à ARN causent des maladies très largement répandues : de la gastroentérite à la grippe en passant par l’encéphalite et l’hépatite C.

Le programme Vizier (13 millions d’euros sur 5 ans) va caractériser les virus à ARN qui n’incluent pas d’étape ADN dans leur cycle de réplication. Dans ce cadre, les protéines (polymérases, hélicases…) impliquées dans la réplication d’environ 300 virus seront caractérisées.

Le programme BioXHit (Biocrystallography X on a highly integrated technology) est mené par le Laboratoire européen de biologie moléculaire (Hambourg). D’une durée de 4 ans, ce projet dispose d’un budget de 10 millions d’euros. Ce projet vise à optimiser les technologies mises en œuvre pour déterminer la structure de molécules biologiques.

 Les travaux vont consister à développer de nouvelles approches de cristallisation et à automatiser complètement la collecte des données de diffraction, le tout étant intégré à une puissante structure bioinformatique.

Enfin, le Laboratoire biologie moléculaire d’Heidelberg (Allemagne) coordonne le projet 3D Repertoire, financé à hauteur de 13 millions d’euros pour 4 ans. Ce projet est focalisé sur la détermination de structure de complexes protéiques cellulaires au meilleur niveau de résolution possible par microscopie électronique, cristallographie X et par approximations in silico.

Michel Le Toullec

Bienvenue !

Vous êtes désormais inscrits. Vous recevrez prochainement notre newsletter hebdomadaire Industrie & Technologies

Nous vous recommandons

« Implant Files » : pourquoi les implants médicaux sont dans la tourmente

« Implant Files » : pourquoi les implants médicaux sont dans la tourmente

C'est un nouveau scandale sanitaire. Après l'affaire des implants mammaires « PIP », une enquête du[…]

IRT Saint-Exupéry : les nouvelles plateformes technologiques opérationnelles

IRT Saint-Exupéry : les nouvelles plateformes technologiques opérationnelles

Drone à hydrogène : le rêve de deux start-up françaises

Drone à hydrogène : le rêve de deux start-up françaises

[Photo Tech] L’impression 3D mobile de bâtiments

[Photo Tech] L’impression 3D mobile de bâtiments

Plus d'articles