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Dépistage répété du covid-19 chez une population sans symptômes : SalivaDirect fait ses preuves

Xavier Boivinet et Manuel Moragues

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Dépistage répété du covid-19 chez une population sans symptômes : SalivaDirect fait ses preuves

© Yale University

Test salivaire du Covid-19 mis au point à l'université de Yale, SalivaDirect a été expérimenté dans le suivi quotidien d'équipes de basket de la NBA américaine pour éprouver sa sensibilité sur les asymptomatiques. Un succès, selon les résultats pré-publiés, qui ouvre la voie à des dépistages massifs et répétés avec ce test simplifié, à bas coût et open source.

Un argument de plus en faveur de l'usage de tests salivaires pour un dépistage – enfin - efficace du Covid-19. SalivaDirect, test salivaire mis au point à l’école de santé publique de l’université de Yale (Connecticut, Etats-Unis) a été expérimenté avec succès au printemps dans le suivi quotidien d'équipes de basket de la NBA et leur personnel, tous sans symptômes. De quoi, peut-être, inspirer de tels dépistages en France avec ce test open source et peu coûteux.

Les résultats sont détaillés dans un article pré-publié le 28 septembre sur medRxiv qui est une mise à jour d'un article mis en ligne le 4 août. Cette précédente version établissait la haute sensibilité de ce test et avait convaincu la FDA américaine, qui avait accordé le 15 août une « autorisation d’utilisation d’urgence » (EUA) au test SalivaDirect.

« Concluant pour le dépistage massif du Sars-CoV-2 chez les asymptomatiques »

Cette autorisation limite cependant l'usage du test aux personnes « suspectées d’être positives au covid-19 ». Avec leurs nouveaux résultats, les chercheurs de Yale espèrent voir leur EUA étendue au dépistage massif de personnes asymptomatiques.

« Nous avons démontré l’efficacité de ce test pour du dépistage répété au sein d’une population jeune et en bonne santé de la NBA, concluent les chercheurs. Nos résultats sur cette large cohorte (…) montrent que notre prélèvement de salive et nos protocoles de test sont concluants pour le dépistage massif du Sars-CoV-2 chez les asymptomatiques. »

89,5% de concordance avec la RT-PCR sur nasopharyngé pour les cas positifs

Près de 3 800 tests couplés ont été réalisés : à chaque fois, un test SalivaDirect était comparé à un test RT-PCR classique sur prélèvement nasopharyngé ou oropharyngé (NA/OR), qui servait de référence. Sur les 3 779 prélèvements SalivaDirect réalisés, 12 étaient invalides car pollués et inutilisables pour la PCR. Sur les 19 personnes positives détectées par SalivaDirect, 17 l’étaient aussi avec les tests NA/OR. Pour les cas négatifs 3 746 tests comparés étaient en accord.

Les chercheurs concluent à une validité des échantillons de l’ordre de 99,7 % pour SalivaDirect et à une concordance entre SalivaDirect et NA/OR de 89,5 % chez les cas positifs et 99,9 % pour les cas négatifs.

Si ces résultats n'ont pas encore été validés par une publication officielle après « revue par les pairs », ils s'opposent frontalement aux résultats préliminaires de l'étude française Covisal (sensibilité de 24% pour les asymptomatiques) sur laquelle s'est appuyée la Haute Autorité de santé pour déconseiller les tests salivaires chez les asymptomatiques, écartant par là la possibilité de les utiliser pour un dépistage massif.

Pas besoin d'extraction de l'ARN, un coût de moins de 10 dollars

Partir de la simple salive plutôt que d'un prélèvement naso-pharyngé inconfortable est un atout pour dépister des populations sans symptômes. Mais ce n'est pas le seul avantage de SalivaDirect. Le test se passe en effet de l'étape d'extraction de l'ARN viral, qui nécessite un équipement et des réactifs spécifiques. A la place, une enzyme - la protéinase K – est simplement ajoutée au prélèvement. Pas besoin non plus, selon les chercheurs, de produits conservateurs généralement utilisés pour préserver l’échantillon.

Interrogée par Industrie & Technologies, Anne Wyllie, microbiologiste à l’université de Yale qui a participé à la mise au point de SalivaDirect, résume : « Notre méthode est simple : prendre un échantillon de salive, la mélanger à la protéinase K, inactiver le virus pendant 5 min à 95°C et enfin effectuer une PCR. » Cette simplicité se traduit par un coût réduit : moins de 5 dollars pour les réactifs et moins de 10 dollars pour le test complet, selon les chercheurs.

« SalivaDirect n'est pas un kit, c'est un protocole open source accessible à tous »

Simplicité, bas coût, prélèvement aisé… Trois ingrédients clés pour permettre un dépistage massif et répété de populations, qui permette par exemple d'éviter l'émergence d'un cluster dans un Ehpad. L'université de l'Illinois d'Urbana-Champaign utilise ainsi un test similaire pour tester ses 60 000 étudiants et personnel deux fois par semaine depuis fin août. D'autres campus américains lui emboîtent le pas et SalivaDirect, avec l'autorisation de la FDA, a démarré son essaimage : depuis le 24 septembre, en plus du Yale Pathology Labs, les laboratoires Access Medical Labs, Hennepin County Medical Center (HCMC), et Mirimus, Inc. peuvent l'utiliser.

Car le test de Yale a une autre spécificité de taille : « SalivaDirect n'est pas un kit, c'est un protocole open source que nous avons rendu accessible à tous début juin, précise Anne Wyllie. Tout le monde peut s'en emparer et voir s'il fonctionne. » Nombre de laboratoires de recherche en France disposent de machines RT-PCR. Et s'ils s'emparaient de SalivaDirect ?

 

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