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Covid-19 et eaux usées : comment Obépine veut obtenir l'indicateur ultime de circulation du virus

Alexandre Couto

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Covid-19 et eaux usées : comment Obépine veut obtenir l'indicateur ultime de circulation du virus

L'Observatoire épidémiologique des eaux usées (Obépine) publie depuis le 25 janvier des indicateurs de la concentration du SARS-CoV-2 dans les eaux usées d’une trentaine de villes de France. Des données sur la présence des variants s'y ajouteront bientôt. Derrière ces précieuses informations couvrant l'ensemble d'un bassin de population de façon non biaisée : un tour de force technique et logistique.

Analyser les eaux usées pour anticiper une éventuelle troisième vague de Covid-19. Pour Vincent Maréchal, virologue et cofondateur du réseau de surveillance Obépine (Observatoire épidémiologique des eaux usées), cela s’impose. « Nous avons vu apparaître les signaux annonciateurs de la deuxième vague en Ile-de-France dès le 20 juin. Nous avons alerté, mais n’avons pas été entendus, déplore-t-il. Notre indicateur doit désormais être pris en compte ! »

Cet indicateur, c’est la concentration du génome du virus dans les eaux usées, reflet en quasi-temps réel du nombre de malades. Si le SARS-CoV-2 affecte essentiellement les voies respiratoires, il est en effet aussi répliqué dans le tube digestif, puis excrété dans les selles. Il se retrouve ainsi dans les eaux usées sous une forme non contagieuse. Les malades commencent à excréter le virus environ deux à trois jours avant l’apparition des symptômes et les recherches ont montré que la quantité de virus qui se retrouve dans les selles peut être importante.

Quatre protocoles de traitement

C’est en partant de ces connaissances, mais également de travaux antérieurs sur le suivi des épidémies de virus entériques, que s’est constitué, en mars 2020, Obépine, un consortium rassemblant des acteurs académiques (Sorbonne Université, université de Lorraine, université de Clermont-Auvergne, Inserm, Ifremer, Institut de recherche biomédicale des armées), sept laboratoires d’analyses et 150 stations d’épuration partenaires.

Obépine a mis en place des prélèvements quotidiens en entrée des stations et leur analyse par RT-PCR quantitative pour mesurer la quantité de génome viral présente. Fin décembre, en incluant les nouvelles stations intégrées au réseau, ce sont entre 300 et 600 tests hebdomadaires qui ont été réalisés.

Les résultats présentés mi-novembre ont montré l’intérêt de ces mesures pour une détection précoce de la circulation du virus dans la population. En Ile-de-France, par exemple, l’évolution de la concentration du virus dans les eaux usées a devancé en moyenne de cinq à six jours celle du nombre de cas positifs aux tests RT-PCR nasopharyngés. Une avance que Laurent Moulin, le responsable de la R & D à Eau de Paris, impliqué dès le début dans le projet, attribue à l’excrétion du virus dans les selles dès deux à trois jours avant l’apparition des symptômes, alors que les gens se font généralement tester après et qu’il y a encore un délai supplémentaire pour obtenir les résultats.

Un indicateur méta-épidémique

L’indicateur d’Obépine a deux autres atouts clés : d’une part, il couvre l’ensemble de la population, asymptomatiques compris, d’autre part, il reflète de manière constante la circulation du virus,[…]

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