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Comment l’IRT Bioaster gère les données de santé

Aurélie Barbaux
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Comment l’IRT Bioaster gère les données de santé

Pour le stockage et l’analyse de ses données, Bioaster s’appuie sur le Centre de calcul de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (CC-IN2P3, CNRS, Campus de la Doua).

© cc-in2p3

Créé en avril 2012 à l'initiative du gouvernement français par l’Institut Pasteur et le pôle de compétitivité santé Lyonbiopôle, l'Institut de Recherche Technologique (IRT), Biosater a officiellement inauguré ses locaux lyonnais le 2 février 2017, soit 18 mois après leur livraison. L’occasion de revenir sur une des clés de cette structure originale de recherche mutualisée publique-privée spécialisée sur la microbiologie de la santé et les maladies infectieuses : la gestion des données.

C’est peu dire que la recherche en santé produit des données numériques à foison, qu’il faut analyser et modéliser pour construire des modèles, trouver des corrélations afin de découvrir de nouveaux biomarqueurs, prédire l’efficacité et l’innocuité de futurs vaccins ou identifier des mécanismes d’action de nouveaux composés antimicrobiens. Pour traiter les données produites par ses 7 plateformes technologiques, l’IRT Bioaster a donc été amené à déployer des stratégies mêlant calcul intensif, simulation numérique, en tenant compte de fortes contraintes de confidentialité.

Confidentialité des projets d’une part, voulue par les membres. Mais surtout confidentialité et anonymisation des données personnelles de santé utilisées dans de nombreux projets. Plutôt que de se doter de ses propres moyens de calcul, « nous avons choisi d’établir un partenariat avec le centre de calcul du CNRS à Lyon-Villeurbanne, qui met à la disposition de nos programmes de recherche, une architecture évolutive, flexible et unique, en terme de puissance de calcul, de capacités de stockage de masse et de réseaux à haut débit », explique Alain Troesch directeur des Technologies de l’IRT.

Partenaire du centre de calcul IN2P3

Pour parfaire le stockage et l’analyse de ses données, Bioaster s’appuie donc sur le Centre de calcul de l’Institut national de physique nucléaire et de physique des particules (CC-IN2P3, CNRS, Campus de la Doua). Il a ainsi accès à un cloud Openstack pour le calcul et l’hébergement d’applications, une ferme de calcul UNIVA pour le calcul intensif, du stockage massif et des backup (GPFS x10 à x100 To) un système de gestion de base de données de type Orable et PostGreSQL et le transfert via un réseau dédié haut débit entre les institutions.

Bioaster en chiffres (au 30/06/2016)
29 projets en cours
11 projets terminés
4 brevets déposés
36 publications
120 collaborateurs
37 partenaires industriels et académiques
180 M€ de financement PIA

 

Sans lui, difficile de faire aboutir un projet emblématique de Bioaster comme REALISM (REAnimation Low Immune Status Markers. Ce projet de 8 millions d’euros rassemble jusqu’à fin 2018 cinquante chercheurs issus- et c’est une première — des laboratoires de BioMérieux, Bioaster, l’ESPCI, les Hospices civils de Lyon, mais aussi de GSK et Sanofi. Il vise à lutter contre le sepsis, une infection grave dans laquelle la réponse inflammatoire de l’organisme a pour conséquence des défaillances d’organes qui mettent en jeu le pronostic vital. 27 millions de personnes dans le monde en sont touchées chaque année.

 

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