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Covid-19 : trois pistes pour mesurer la dissémination des variants sur le sol français

Martin Clavey

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Covid-19 : trois pistes pour mesurer la dissémination des variants sur le sol français

© IAEA Imagebank

La mesure de la présence des variants du Sars-CoV-2 s'impose pour agir contre leur dissémination et comprendre leurs spécificités. A la méthode reine, le séquençage, s'ajoutent deux autres façons de les détecter.

Les variants inquiètent. En particulier le variant anglais, dont l'apparente plus forte contagiosité pourrait rapidement accélérer l'épidémie en l'absence de mesure de protection supplémentaire, comme le suggère une récente étude de l'Inserm. Surveiller la progression des variants apparaît impératif. Cela passe par leur détection. Le séquençage du génome des virus prélevés lors des tests est la méthode reine, mais les capacités françaises en la matière sont limitées. Des kits RT-PCR dédiés à la détection de variants sont en train d'être développés et, en attendant, le kit RT-PCR du fabricant Thermo Fisher permet de cibler les échantillons suspects.

« Ce n’est pas anormal de voir l’émergence de nouveaux variants », rassure Alexandre Gaymard, virologue au centre national de référence (CNR) des virus des infections respiratoires de Lyon. « C’est un virus à ARN qui mute, ce qui est normal. D'autant qu'il est soumis à une très forte pression par les mesures barrières et de désinfection, une pression qui commence à être aussi vaccinale. L’important, donc, c’est de bien surveiller ces virus, de caractériser les mutations qui peuvent être problématiques pour l’efficacité vaccinale. »

Un séquençage parti en retard et qui ne pourra être exhaustif

Les britanniques ont été capables de détecter la présence du variant VOC-202012/01, de mesurer sa progression et d'en déduire sa forte contagiosité grâce à leurs énormes capacités de séquençage du virus. Des capacités mises en place avant la pandémie et qui restent hors de portée de la France à court terme. Le Royaume-Uni a ainsi déjà partagé 170 000 séquences de génomes du Sars-CoV-2 sur la plateforme de partage internationale Gisaid qui contient 413 000 séquences. La France, elle, en a partagé tout juste 3 000. Une montée en puissance est cependant en cours.

Mais même avec une capacité de séquençage importante, il est impossible de surveiller de façon exhaustive la propagation du virus et de ses variants. Le virologue du CNR explique que « quoiqu’il arrive, même le Royaume-Uni, qui est un des pays qui séquencent le plus, n’est pas en capacité de surveiller par séquençage l’intégralité des infections et l’intégralité des virus positifs détectés sur le territoire. Donc le séquençage ne pourra surveiller qu'une proportion de ces infections, jamais la totalité. »

Laurence Prots, directrice de l'Unité Fonctionnelle de Microbiologie du laboratoire d’analyse privé Cerballiance Alpes Maritimes confirme : « Vous ne pourrez jamais faire de séquençage en routine, c’est plus de 220 euros par séquençage ! ».

Le test RT-PCR de Thermo Fisher pour identifier les suspects

Il existe heureusement une autre possibilité pour obtenir un indice fort de la présence ou non présence du variant anglais en utilisant les tests RT-PCR du fabricant Thermo Fisher.

Ces tests cherchent à détecter deux à trois séquences génétiques virales. Ces séquences cibles peuvent être différentes selon le fabricant du test. Or une équipe française a montré que, pour certains variants dont le fameux variant anglais, l'une des trois cibles du test du fabriquant Thermo Fisher est concernée par les mutations et n'est donc pas détectée.

Autrement dit, si le test Thermo Fisher est positif pour les deux autres cibles mais négatif pour la cible mutée, il y a de fortes chances que cela traduise une infection au variant anglais. Si c’est le cas, il faudra ensuite faire un séquençage pour être complètement sûr de la présence de ce variant.

« C’est vraiment de la chance. Le kit n’a pas du tout été conçu pour être utilisé en dépistage comme ça. La mutation est survenue, par chance pour Thermo Fisher, pile dans la région que leur test ciblait et elle déclenche suffisamment de gènes pour que ça ne déclenche pas de faux négatifs dans ce test », explique Alexandre Gaymard qui fait partie des auteurs de l’article.

Dans le cadre de l’opération nationale qui a été réalisée et mandatée par Santé Publique France et le CNR, « entre 60 et 70% des résultats remontés par les laboratoires Cerba en utilisant ainsi le test RT-PCR de Thermo Fisher étaient effectivement des cas de variant anglais » affirme Laurence Prots.

Cette technique en deux temps, RT-PCR Thermo Fisher puis séquençage, semble avoir été retenue par les autorités pour palier le faible maillage français de séquençage. « L’ARS Ile-de-France a demandé à ce que tous les cas positifs soient testée par RT-PCR Thermo Fisher » témoigne la biologiste de Cerballiance.

Mais « les tests RT-PCR de Thermo Fisher sont plus utilisés dans les milieux hospitalier. C’est une technique beaucoup plus coûteuse que les autres qui n’est pas forcément faite pour de la technique de masse et qui est plus complexe », regrette-t-elle encore, « les tests Thermo Fisher sont captifs, vous ne pouvez pas utiliser du réactif Thermo Fisher sur d’autres types de thermocycleur [l’appareil automatisant la réaction de PCR, ndlr]. Ce qui n’est pas le cas de quantité d'autres réactifs qui sont sur le marché. »

D’autres kits RT-PCR bientôt disponibles pour détecter les variants

Une autre solution émerge. Des entreprises comme BGI, TibmolBiol ou Elitech sont en train de développer des kits de RT-PCR qui permettront de détecter des variants du Covid-19. Des kits pour chaque variant pourront être développés. Il n’en reste pas moins qu’ils seront toujours spécifiques et ne pourront pas rechercher tous les variants à la fois.

« Le seul test qui existe qui n’est pas spécifique d’un variant, c’est le séquençage », rappelle Alexandre Gaymard, « tous les autres tests qui seront mis en place seront spécifiques de quelque chose même si, parfois, certains tests cibleront des mutations qui seront sur plusieurs variants et vont permettre d’en détecter plusieurs d’un coup. »

Ces kits ne devraient pas mettre très longtemps à arriver. Laurence Prots estime que « ce n’est pas compliqué pour les fabricants d’aller changer les amorces spécifiques d’une mutation et il y a une réactivité des fournisseurs qui est incroyable ! »

La Direction Générale de la Santé a d’ailleurs déjà réagi en diffusant aux professionnels de santé un message urgent samedi 23 janvier expliquant la démarche à suivre pour mettre en place ces tests.

Si la France n’est pas encore tout à fait prête pour surveiller efficacement les différents variants, Alexandre Gaymard estime qu’« on est à quelques jours, à quelques semaines d’être en capacité de le faire. »


 

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