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Bio-informaticiens

> Un terme, deux métiers. L'informaticien biologiste concepteur de logiciels de traitement de données et... le biologiste informaticien, ou bioanalyste.

Un bio-informaticien est-il un biologiste informaticien ou un informaticien biologiste ? La question n'est pas aussi triviale qu'il y paraît. On sent bien intuitivement que le métier du développeur de systèmes d'information biologique diffère de celui qui utilisera ces outils. Schématiquement, dans le premier cas, on parle de bioinformaticien, dans le second, de bioanalyste. En tout cas, si la bio-informatique fait parler d'elle depuis le début des années 90 avec le projet Hugo de séquençage du génome humain, elle prend aujourd'hui une autre dimension. Les chercheurs sont entrés dans la phase de postgénomique:
il s'agit de transformer les données brutes du séquençage en informations utiles pour les biologistes. Avoir décrypté les 30000 gènes du génome humain n'est en effet pas une fin en soi : reste à déterminer les fonctions des produits d'expression de ces gènes.
Pour identifier ces fonctions et leurs liens avec les processus biologiques (physiologiques ou pathologiques), des techniques expérimentales à hauts débits ont été mises au point. Or, qui dit hauts débits dit grandes quantités de données à stocker et à traiter. Ces techniques en ?-omique? incluent la transcriptomique, l'étude de gènes exprimés par une cellule dans des conditions données. La protéomique consiste, elle, à étudier toutes les protéines d'une cellule.
Enfin, la pharmacogénomique s'intéresse à l'influence de la variabilité du génome sur la réponse des individus aux médicaments.


Surtout dans la recherche publique

«En France, environ un millier de personnes se consacrent à la bio-informatique», estime Vincent Mittoux de la société de conseil Alcimed (Paris). Ce qui est peu, vu le panel d'entreprises ou de laboratoires potentiellement concerné. Les groupes pharmaceutiques ont déjà des équipes spécifiques pour accélérer la découverte et la mise au point de médicaments.
L'industrie agroalimentaire y recourt aussi pour sélectionner les souches de semences, levures de bactéries. Mais les bio-informaticiens officient surtout dans la recherche publique:au CNRS, à l'Inria, à l'Inserm et dans le réseau national des génopoles (Evry, Lille, Strabourg, Lyon Grenoble...).Sans oublier des sociétés comme Hybrigenics, Gene-IT, Cerep, IT-Omics, Genome Express, Genodyssee, Mediagen, Genomining...
Selon l'entreprise ou le laboratoire, la fonction de bioinformaticien est des plus variées.


A noter

Depuis 1999, de nombreux DESS voient le jour en France

> Bio-informatique : Toulouse 1999, Lille 2001, Montpellier 2001, Clermont-Ferrand 2002

>Étude de génomes, outils informatiques et statistiques: Rouen 1999

>Informatique des systèmes
complexes biologiques et
industriels : Bordeaux 2000

> Ingénierie génomique et
fonctionnelle : Paris 2000

> Ressources génomiques et traitements informatiques: Nancy 2001

> Mastère spécialisé en bio-informatique : Evry 2001
Avec cependant une constante : une capacité à parler et à comprendre le langage des biologistes et celui des informaticiens! Ce métier peut consister à gérer des données biologiques : il est alors question de stockage haute capacité et d'intégration de bases de données. Analyser et modéliser les données nécessitent d'autres compétences, notamment pour la prédiction de structures de gènes, la modélisation de processus cellulaires ou la conception d'outils informatiques et statistiques.
Le bio-informaticien développeur et interfaceur traitera d'interfaçagehomme-machine, d'intranet et d'extranet. Le bioanalyste, lui, pourra être amené à choisir le système bio-informatique de son entreprise et former ses biologistes à cet outil.

Des compétences très particulières

Biologiste informaticien, le bio-informaticien est armé de compétences très particulières qui se monnaient. « Dès le niveau jeune diplômé, les propositions d'embauche tournent autour de 35 000 euros brut par an», reprend Vincent Mittoux chez Alcimed. Car il existe des diplômes de bioinformaticiens: c'est une discipline à part entière avec ses fondements scientifiques propres et non pas juste l'addition de notions de biologie et d'informatique. Le premier DESS de bio-informatique a été créé en 1999 à Toulouse. Bernard Michot, son responsable, raconte : « Biologiste moléculaire à l'Inserm, je me suis formé sur le tas en développant mes propres outils informatiques. Puis j'ai créé ce DESS pour faire face à la quantité de données biologiques à venir. »
D'autres formations de ce type, ont depuis lors été créées. Enfin, des cursus de bio-informatique à destination d'informaticiens sont apparus en 2001. «Nos formations ne répondaient pas à toutes les fonctions, explique Hélène Touzet, responsable du DESS de bio-informatique de Lille (Nord). Il y a des besoins importants en création de logiciels conviviaux et disponibles en réseau. » De son côté, l'Institut d'informatique d'entreprise (à Evry, Essonne) inaugurait un mastère spécialisé en bio-informatique. De quoi satisfaire toutes les vocations.

Michel Le Toullec 

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