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Baisser le seuil de détection des tests RT-PCR du Covid-19 pour mieux dépister les individus contagieux

Xavier Boivinet

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Baisser le seuil de détection des tests RT-PCR du Covid-19 pour mieux dépister les individus contagieux

© IAEA Imagebank

Tests de diagnotic ultra sensibles, les tests RT-PCR sortent positifs même pour des individus qui portent trop peu de virus pour être encore contagieux. Pour en faire de meilleurs tests de contagiosité, certains appellent à baisser leur seuil de détection. Est-ce une bonne idée ? Quelles sont les limites de cette solution ? Décryptage.

Pas de place pour la nuance. C’est positif ou négatif. Le résultat d’un test de dépistage du Covid-19 par RT-PCR est binaire, sans aucune indication sur la quantité de virus présent - la charge virale - et sans hiérarchisation.

Pour Sylvie Van der Werf, responsable du centre national de référence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur, cela a quelque chose de « problématique » : « Un résultat positif proche du seuil de détection, donc avec très peu de virus, est rendu avec le même poids qu'un autre avec un Ct à 12 ou 15, synonyme d’une positivité certaine et d’une contagiosité potentiellement très forte. »

Ce qui est lourd de conséquences si l’on utilise la RT-PCR pour évaluer la contagiosité des individus : une analyse publiée par le New-York Times le 29 août estime que, sur des ensembles de cas testés positifs – et donc placés en isolement - cet été sur la côte Est des Etats-Unis, 85% à 90% n’étaient pas contagieux ! Si ces chiffres ne peuvent être généralisés, ils illustrent un écueil majeur de l'usage des tests RT-PCR de diagnostic comme tests de contagiosité.

Cycles d'amplification

Le « Ct », ou « Cycle Threshold » est le nombre de cycles d’amplification nécessaires afin d’atteindre une valeur seuil de fluorescence, qui permet de déclarer que l’échantillon est positif au Sars-CoV-2. C’est le principe d’une PCR : dupliquer des séquences génétiques virales contenues dans un échantillon prélevé chez un patient au cours de cycles d’amplification successifs, jusqu’à pouvoir les détecter grâce à des marqueurs fluorescents.

S’il y a beaucoup de virus dans l’échantillon d’origine, il suffira d’un petit nombre de cycles pour atteindre le seuil de fluorescence : le Ct sera petit. A l’inverse, une faible charge virale exigera un grand nombre de cycles : le Ct sera élevé. Tels que pratiqués aujourd’hui, les tests RT-PCR considèrent comme positif tout échantillon ayant un Ct allant jusqu’au maximum prévu par le fournisseur de la machine et du kit de réactifs, soit souvent plus de 40.

Autrement dit, même une très faible charge virale donne un résultat positif. Cette haute sensibilité est bienvenue pour un diagnostic mais elle donne une information erronée pour identifier une personne contagieuse.

Baisser le Ct ? Oui mais à combien ?

Face à la trop haute sensibilité des tests RT-PCR pour un test de contagiosité, certains appellent à réduire le seuil au-delà duquel un patient est considéré comme positif. C’est le cas de chercheurs interrogés pour l’article du New York Times.

C’est aussi le cas de Bernard La Scola, professeur de microbiologie à l’Institut hospitalo-universitaire (IHU) Méditerranée infection à Marseille, favorable à une révision des règles d’interprétation avant de rendre le résultat du test : « Je serais d'avis de définir un Ct au-delà duquel le patient n’est plus considéré comme positif, ajoute-t-il. Le résultat rendu doit être utile et aider à prendre des décisions pertinentes. »

A combien faudrait-il baisser le Ct seuil au-delà duquel un patient n’est plus considéré comme positif ? Ou plus exactement, considéré comme présentant un risque faible de transmettre le virus. Certaines recherches effectuées depuis le début de la pandémie offrent des premières pistes.

Comparaison avec une culture virale

Plusieurs études ont étudié la corrélation entre le Ct obtenu sur un prélèvement positif au Sars-CoV-2 et la possibilité de cultiver le virus présent dans l’échantillon sur des cellules in vitro – une condition nécessaire mais non suffisante pour que l’échantillon soit infectieux.

Un article pré-publié sur le site medRxiv en juillet dernier en fait la synthèse. « Aucune culture virale n’a été obtenue à partir d’échantillons […] avec des Ct inférieurs à 24 ou 34, indiquent les chercheurs. La possibilité de cultiver du virus décroit lorsque les Ct augmentent. »

Considérée dans cette synthèse, une étude réalisée à l’IHU Méditerranée infection à Marseille a été publiée le 27 avril dans la revue European Journal of Clinical Microbiology & Infectious Diseases. Premier auteur, Bernard La Scola explique que sur les 183 échantillons analysés, il n’est plus possible de cultiver du virus in vitro lorsque le Ct dépasse 34. « Nous avons poursuivi depuis et avons aujourd’hui beaucoup plus de prélèvements qui confirment ces résultats », assure-t-il.

Plus récemment, des résultats similaires ont été rapportés par des chercheurs de l’Agence de santé publique anglaise dans un article paru le 13 août dans Eurosurveillance : « La probabilité de cultiver du virus chute à 8 % dans des échantillons pour lesquels le Ct est supérieur à 35. »

Des Ct pas très accordés

Une difficulté empêche toutefois de graver dans le marbre une valeur de Ct au-delà de laquelle un patient pourrait être considéré comme non contagieux : « Les Ct ne sont pas des valeurs absolues », souligne M. La Scola.

« Pour un même échantillon, ils seront différents d’un laboratoire à l’autre et ne peuvent pas être comparés de manière systématique », ajoute Laurence Prots, directrice de l'Unité Fonctionnelle de Microbiologie Cerballiance Alpes Maritimes, pour qui vouloir tirer des conclusions concernant la contagiosité à partir des Ct est une « fausse bonne idée ».

En effet, les valeurs de Ct dépendent de nombreux paramètres qui vont de la qualité du prélèvement à la méthode d’extraction pour purifier l’ARN présent dans l’échantillon prélevé, en passant par le gène cible considéré, les réactifs et la machine PCR…

Symptômes, chronologie et biologie médicale

De plus, un écueil majeur de ce type de raisonnement vient du moment auquel est effectué le test par rapport à l’infection. Un patient testé trop tôt - avant l’apparition des symptômes - aura une charge virale faible et un Ct élevé.

Interpréter son test comme négatif serait une erreur majeure puisque ce même patient pourra avoir une charge virale beaucoup plus élevée et être très infectieux 48 heures plus tard, à l’apparition des symptômes.

« La contagiosité d’un patient doit être évaluée à partir des informations cliniques, de son historique, et des résultats de la biologie médicale », insiste Mme Prots.

La RT-PCR quantitative pour mettre tout le monde d’accord ?

La variabilité des Ct et la difficulté de comparer les résultats d’un laboratoire à l’autre sont d’ailleurs illustrées dans la synthèse de la littérature scientifique citée précédemment : les Ct au-delà desquels il devient difficile de cultiver du virus sur des cellules in vitro varient de 24 à 34…

Les scientifiques consultés s’interrogent tout de même sur la valeur de 24, qui paraît particulièrement basse. « Dans notre laboratoire, avec un Ct de 25 nous parvenons à cultiver le virus dans 70 % des cas, remarque M. La Scola. A l’évidence, les patients sont contagieux. »

Pour lever les incertitudes et comparer les résultats d’un laboratoire à l’autre, une solution pourrait venir de l’utilisation non pas du Ct, mais de la charge virale de l’échantillon - exprimée en nombre de copies du génome par millilitre - obtenue grâce à une analyse RT-PCR quantitative. De quoi, peut-être, mettre tout le monde d’accord.

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