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40000 étudiants et enseignants testés 2 fois par semaine sur un campus de l'Illinois : ce dépistage du Covid-19 par tests salivaires dont se prive la France

Kevin Poireault

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40000 étudiants et enseignants testés 2 fois par semaine sur un campus de l'Illinois : ce dépistage du Covid-19 par tests salivaires dont se prive la France

La Dr. Robin Holland, qui fait partie de l'équipe de recherche Covid-19 pour l'université de l'Illinois à Urbana-Champaign, effectue des tests sur des échantillons de salive dans les laboratoires du Laboratoire de diagnostic vétérinaire de l'université de l'Illinois.

© Board of Trustees of the University of Illinois

Depuis le 6 juillet, l’université de l’Illinois à Urbana-Champaign (UIUC) teste ses 40 000 étudiants et professeurs pour le Covid-19 deux fois par semaine. Un dépistage massif rendu possible grâce à des tests RT-PCR sur prélèvements salivaires. Un dépistage que la France vient d'écarter par la voix de la Haute Autorité de santé.

Chaque semaine, deux fois par semaine, les 40 000 étudiants et enseignants de l’université de l’Illinois à Urbana-Champaign (UIUC) sont testés pour le Covid-19. Le dépistage du Covid-19 mis en place sur le campus le 6 juillet pour détecter et isoler les personnes infectées afin de réduire la circulation du virus impressionne.

Et interroge : les tests utilisés sur le campus sont ces tests RT-PCR sur prélèvements salivaires dont la Haute Autorité de santé française (HAS) a écarté le 18 septembre l'usage chez les personnes asymptomatiques. Empêchant donc leur utilisation pour un dépistage massif du Covid-19 qui repose en grande partie sur la détection des cas pré et asymptomatiques. La HAS s'appuie sur des résultats préliminaires – et non publiés - de l'étude Covisal indiquant que seuls 25% des asymptomatiques sont détectés.

« Ces conclusions ne concordent pas du tout avec nos résultats, rétorque Paul Hergenrother, professeur de chimie en charge du déploiement de ce dépistage massif, interrogé par Industrie & Technologies. Nous sommes parvenus à dépister les personnes asymptomatiques, nombreuses dans le groupe d’âge des gens testés sur le campus, et à les isoler très rapidement. Notre méthode d’amplification de trois gènes du virus offre des résultats tout à fait comparables à ceux fournis par un prélèvement naso-pharyngé. »

Un taux de positivité passé de 2,86% à 0,31% en moins d'un mois

Le professeur de l'UIUC peut se targuer de résultats plus que positifs : « Aujourd’hui, nous enregistrons un taux de positivité des tests de 0,31 %, l’un des plus bas de tous les Etats-Unis », s’enthousiasme-t-il. Plus précisément, sur les 7 derniers jours, seuls 0,31 % des personnes testées sur le campus étaient infectées, contre 2,86 % au 30 août, lorsque les étudiants et les professeurs sont retournés sur le campus pour la rentrée scolaire. A titre de comparaison, le taux de positivité des tests en France au 22 septembre à 14h était de 6,1% selon Santé publique.

La possibilité de mener un tel dépistage, à la fois massif et fréquent, est l'atout majeur des tests PCR sur prélèvements salivaires que mettent en avant de nombreuses voix en France depuis des mois, de l'épidémiologiste Catherine Hill au médecin Yvon Le Flohic. Pour Paul Hergenrother, ce type de test est « le seul capable de nous permettre de tester plus de 10 000 personnes par jour car il ne subit pas les mêmes problèmes que les tests par prélèvements naso-pharyngés : manque d’écouvillons et de réactifs, risques pour le personnel de santé dus à la méthode de prélèvement, assez invasive et sujette à la toux et aux éternuements du patient. »

Court-circuiter l'étape d'extraction de l'ARN pour un résultat en 5 heures

Le test mis au point par l'UIUC s'inspire de celui développé par l'université de Yale, baptisé SalivaDirect, publié en préprint et autorisé en urgence par la Food & Drug Administration américaine cet été. Comme lui, il offre l'avantage de se passer de la première étape d'extraction de l'ARN viral nécessaire aux tests RT-PCR sur prélèvements naso-pharyngés.

Un atout crucial face aux risques de pénurie de kits d'extraction et une simplification synonyme d'accélération : « Nous réduisons encore les problèmes d’approvisionnement et nous sommes capables de rendre un résultat en seulement cinq heures », se félicite Paul Hergenrother. Les échantillons de salive sont simplement chauffés à 95°C pendant 30 minutes pour désactiver le virus ; un agent chimique tampon est ajouté et le tout passe dans une machine RT-PCR qui amplifie trois séquences génétiques cibles du virus.

40 postes de dépistage et un centre d'analyse sur le campus

Sur le terrain, le protocole mis en place commence par la collecte dans l’un des 40 postes de dépistage disséminés dans 17 chapiteaux sur le campus des échantillons d’un millilitre de salive fournis par les personnes elles-mêmes, dans des tubes. Toutes les heures, un véhicule transporte un lot d’échantillons entre l’un des 17 chapiteaux et le laboratoire d’analyse de l’université – certifié aux normes américaines Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA).

Le dépistage a commencés le 6 juillet sur le campus d’Urbana-Champaign et les étudiants sont contraints de se plier au rythme de deux tests par semaine : « Ils ont une application sur leur smartphone qui leur autorise l’accès aux bâtiments du campus s’ils sont à jour et le leur interdit dans le cas contraire ou s’ils ont été testés positifs au virus », détaille le professeur de chimie. A ce jour, plus de 360 000 tests ont été réalisés depuis le début, selon le tableau de bord en ligne mis à jour régulièrement par l’université.

Plusieurs autres universités américaines emboîtent le pas à l'UIUC

Cette stratégie est en train d'essaimer un peu partout sur les campus américains. L’université de New York demande désormais à certains de ses étudiants de prélever un échantillon de salive chez eux avant de venir sur le campus pour compléter les dépistages naso-pharyngés, alors que l’internat a dû fermer ses portes mi-septembre quand quatre élèves ont été testés positifs après avoir participé à une soirée clandestine sur le campus.

D’autres, comme les universités de Floride, du Michigan, de Virgine ou celle d’Augusta, en Géorgie, ont à leur tour décidé de déployer un dépistage massif s’appuyant largement sur des tests salivaires. « Une cinquantaine de laboratoires utilisent le protocole SalivaDirect, avec la possibilité de mener 80 000 à 100 000 tests par jour, assure à Industrie & Technologies Anne Wyllie, microbiologiste à l’université de Yale. Plus de 300 autres sont aujourd’hui intéressés aux Etats-Unis, mais aussi beaucoup d’autres au Canada, aux Pays-Bas, en Italie… »

 

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