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[2020 en technos] Contagiosité, Ct et réactivité : le test RT-PCR à l'épreuve du dépistage du covid-19

Xavier Boivinet

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[2020 en technos] Contagiosité, Ct et réactivité : le test RT-PCR à l'épreuve du dépistage du covid-19

© Claude Truong-Ngoc / Wikimedia Commons

Tests de diagnostic ultra-sensibles pour détecter la présence de virus, les tests RT-PCR ont été pointés du doigt lors de la lutte contre l’épidémie de covid-19 car pouvant imposer des isolements à des individus porteurs du Sars-CoV-2 mais non contagieux. D’autant plus lorsque les résultats étaient rendus longtemps après la prise d’échantillon, comme cela a parfois pu être le cas.

Très sensibles et précis, les tests RT-PCR ont été utilisés massivement pour diagnostiquer les infections par le Sars-CoV-2. Leur principe : amplifier, lors de cycles successifs, le matériel génétique du virus potentiellement présent dans un échantillon prélevé chez un individu jusqu’à ce qu’il puisse être détecté. Le nombre de cycles à partir duquel le virus est détecté est appelé « cycle threshold » (Ct). Plus ce chiffre est faible, plus le virus est présent. Un Ct élevé signifie au contraire que le virus est moins présent dans l’échantillon de départ.

A la fin de l’été des experts américains interrogés par le New York Times pointent le fait que le seuil considéré aboutit à des diagnostics positifs chez des patients porteurs du virus mais qui ne présenteraient aucun risque de le transmettre. En effet, les résultats des tests RT-PCR sont rendus de manière binaires : « positif » ou « négatif ». En cas de résultat « positif », aucune nuance n’est apportée en fonction de la valeur du Ct.

Retour sur cette polémique à laquelle la Société française de microbiologie a répondu en conseillant, dans un avis du 25 septembre, de préciser le résultat rendu en cas de RT-PCR positive au Sars-CoV-2. Elle conseille notamment de rendre un résultat « positif » dans le cas d’un Ct inférieur à 33, et « positif faible » s’il est supérieur.

Les tests RT-PCR : mauvais tests de contagiosité

A l’époque, une personne testée positive au covid-19 doit s’isoler pendant deux semaines suivant le test. Dans un article publié sur le site du New York Times le 29 août, des experts américains s’étonnent que les tests RT-PCR tels qu’ils sont pratiqués puissent servir de test de contagiosité dans le cas d’une infection par le Sars-CoV-2. Selon le quotidien américain, le seuil considéré aboutit à des diagnostics positifs chez des patients qui ne présenteraient aucun risque de transmettre le virus.

« Nous allons confiner des dizaines de milliers de gens pour rien »

Membre du collectif de professionnels de santé auteur de deux tribunes publiées durant l’été pour inciter au port du masque en lieux clos, le Docteur Yvon Le Flohic questionne alors la stratégie de dépistage fondée sur les tests RT-PCR. Il explique en quoi l’usage de ces tests de diagnostic pour évaluer la contagiosité des personnes est inefficace et impose des quatorzaines inutiles. Avec la croissance du nombre de nouveaux cas, il alerte sur le coût socio-économique de la multiplication des confinements individuels. Repenser la doctrine française s’impose.

Comment repenser la doctrine de dépistage par RT-PCR ?

Début septembre, le gouvernement annonce une réduction de la durée d’isolement imposée suite à un test RT-PCR positif. Mais de plus en plus de voix appellent à repenser la doctrine de dépistage par RT-PCR en s’appuyant sur les connaissances qui se consolident sur le SARS-CoV-2 et sa transmission. Trois résultats majeurs peuvent nous guider.

Baisser le seuil de détection des tests RT-PCR : une bonne idée ?

Pour faire des tests RT-PCR de meilleurs moyens d’évaluer la contagiosité, certains appellent à baisser leur seuil de détection. Est-ce une bonne idée ? Quelles sont les limites de cette solution ? Décryptage.

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